Dès l'origine, les concepteurs de CANOE ont souhaité rassembler et animer un groupe de grandes collectivités utilisatrices du logiciel pour assurer un développement continu et parfaitement adapté aux besoins de ce secteur.
L'objectif de ce groupe de partenaires est triple:
- mutualiser des moyens financiers pour permettre l'évolution du logiciel;
- contribuer collectivement à la définition des évolutions du logiciel (nouvelles fonctionnalités, ergonomie...) en fonction des utilisations actuelles et souhaitées par chaque membre;
- échanger sur les expériences d'utilisation de l'outil et au-delà sur les moyens mis en œuvre pour comprendre et améliorer le fonctionnement des grands systèmes d'assainissement.
Les partenaires sont également interrogés sur la stratégie générale de commercialisation et de développement du logiciel, dont ils sont en quelque sorte les administrateurs.
Le club des partenaires se réunit une fois par an dans un lieu qui change chaque année. Les réunions durent deux jours. La première journée est consacrée aux échanges d’expériences et la seconde aux discussions sur la définition du programme de développement de l’année à venir.
Les partenaires CANOE contribuent financièrement au développement, et en échange :
- disposent d'un forfait d'assistance sur site (expertise, formation, conseils,etc...) de la part des concepteurs (INSA, Artelia - Alison)
- peuvent bénéficier en avant première des nouvelles versions et de modules spécifiques
- disposent d'un espace de discussion spécifique sur le site client canoe-hydro.com (forum, téléchargement...)
Le groupe des partenaires CANOE est ouvert à toute collectivité française, sans limitation de taille après accord des partenaires actuels.
Ce groupe est constitué actuellement de : Grand Lyon (Communauté Urbaine de Lyon), DEA93 (Département de la Seine-Saint-Denis), DSEA94 (Conseil Général du Val-de-Marne), 
